Το 2° Δημοτικό Σχολείο Νάξου που συστεγάζεται με το 1° Νηπιαγωγείο, και το 4° Δημοτικό, μέχρι πρόσφατα λειτουργούσε εν μέρει σε προκατασκευασμένες αίθουσες διδασκαλίας στο προαύλιο χώρο του σχολείου. Αυτός ήταν ένας επιτακτικός λόγος για τη δημιουργία νέων υποδομών, που να εξασφαλίζουν τη λειτουργία του με σύγχρονες συνθήκες. Έτσι ο Δήμος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων που ανέλαβε να προετοιμάσει το έργο, υπέβαλε την σχετική πρόταση και η ένταξη έγινε τον Ιούνιο του 2016 με προϋπολογισμό 1,8 εκ. ευρώ. Μετά τη δημοπράτηση και την έκπτωση που δόθηκε από τον ανάδοχο, ο προϋπολογισμός διαμορφώθηκε σε 997 χιλ. ευρώ.
Αρχικός στόχος ήταν η ανακατασκευή τριών αιθουσών, ωστόσο η μελέτη στατικής και αντισεισμικής επάρκειας απέδειξε ότι υπήρχαν κατασκευαστικές αστοχίες σε μεγαλύτερο τμήμα του σχολείου. Γι’ αυτόν τον λόγο, κρίθηκε σκόπιμο να κατεδαφιστούν τόσο οι τρεις αίθουσες όσο και ακόμα ένα τμήμα του σχολικού συγκροτήματος λόγω επικινδυνότητας. Έτσι, δημιουργήθηκε η αναγκαιότητα κατασκευής νέου τμήματος στη θέση του κατεδαφισθέντος για την κάλυψη των αναγκών του 2ου Δημοτικού Σχολείου. Η προσθήκη αυτή έγινε σε δύο στάθμες. Στην πρώτη στάθμη περιλαμβάνονται βιβλιοθήκη, αρχείο και αποθήκες, ενώ στη δεύτερη πέντε αίθουσες διδασκαλίας, εργαστήριο πληροφορικής, γραφείο διευθυντή, γραφείο διδασκόντων, γραφείο γραμματείας και βοηθητικοί χώροι. Οι νέοι αυτοί χώροι έχουν συνολική επιφάνεια 921 τ.μ.
Έγιναν όμως και σημαντικές εργασίες στον περιβάλλοντα χώρο που επιτρέπουν την άθληση και τις εξωτερικές δραστηριότητες των μαθητών: γήπεδα βόλεϊ και μπάσκετ, μικρές κερκίδες, πέργκολα σκίασης, πρασιές και χώρος εισόδου. Επίσης υπάρχει πρόβλεψη για την εξασφάλιση προσβασιμότητας ΑμεΑ.
Το αναμορφωμένο σχολικό συγκρότημα, που ολοκληρώθηκε και λειτουργεί από τον Οκτώβριο, μπορεί να φιλοξενεί σε σύγχρονες πια συνθήκες 250 μαθητές, αναβαθμίζοντας την ποιότητα εκπαίδευσης του νησιού.